Есть важное решение Верховного суда
Достаточно часто федеральные ведомства издают письма в ответ на индивидуальные запросы организаций. Несмотря на то, что обычно такие письма являются частными разъяснениями, на практике, в силу ведомственной субординации должностные лица территориальных органов обязаны их исполнять.
До сих пор было практически невозможным оспорить такие письма, если они содержали спорные утверждения. Сейчас же, вышло Определение Верховного суда, отменившее спорную часть письма ФНС, самовольно дополнившей положения Налогового кодекса.
Таким образом, становится возможным оспаривать требования исполнять разъясняющие письма при их несоответствии действительному смыслу нормативно-правовых актов.
Подробно ситуация изложена в материале Право.RU.